Le sanctuaire combine harmonieusement des éléments architecturaux très variés. En effet, cette construction est inspirée d'un style arabe, en raison de la racine du nom « Guadalupe », provenant de cette langue, qui signifie « Rivière de Lumière ». Le plan est en croix grecque, l'autel est latin, et la « Fontaine de la Santé » et les fonts baptismaux sont d'inspiration nahuatl.
Dans le retable figure le majestueux tableau à l'huile de M. Luis Toral, intitulé : « Santé des Malades », qui dépeint la guérison miraculeuse accordée par Notre-Dame à Juan Bernardino et la révélation de son nom : « Sainte Marie de Guadalupe ».
Une riche iconographie est distribuée sur les murs des nefs, invitant à contempler l'Événement guadalupéen.
Du côté gauche du chœur, on accède à un passage qui mène aux pieds de la Vierge, lieu de la représentation de la cabane de Juan Bernardino ; un espace de recueillement, propice à la prière et à la gratitude.
En continuant dans le couloir, on sort du côté droit, où se trouve la Fontaine de la Santé, de l'eau vive qui jaillit du lieu, signe de la Santé que notre Mère nous offre. Fontaine de la Santé.