Il Santuario coniuga in modo armonico elementi architettonici molto vari. Infatti, tale costruzione è ispirata a uno stile arabo, per la radice del nome "Guadalupe", proveniente da tale lingua, il cui significato è "Fiume di Luce". La pianta è a croce greca, l'altare latino e la "Fonte della Salute" e il fonte battesimale sono di ispirazione nahuatl.
Nella pala d'altare figura il maestoso dipinto a olio di D. Luis Toral, dal titolo: "Salute dei Malati", che ritrae la miracolosa guarigione concessa da Nostra Signora a Juan Bernardino e la rivelazione del suo nome: "Santa Maria di Guadalupe".
Sulle pareti delle navate si trova distribuita una ricca iconografia che invita a contemplare l'Avvenimento Guadalupano.
Dal lato sinistro del presbiterio si accede a un passaggio che conduce ai piedi della Vergine, luogo della rappresentazione della capanna di Juan Bernardino; uno spazio di raccoglimento, propizio per la preghiera e la gratitudine.
Continuando lungo il corridoio, si esce sul lato destro, dove si trova la Fonte della Salute, acqua viva che nasce dal luogo, segno della Salute che nostra Madre ci offre. Fonte della Salute.